商品ファンドの設定形態には、信託型（現状では合同運用指定金銭信託のみ）、匿名組合型、パートナーシップ型及び任意組合型があるが、投資家の運用目的は同一なので、商品ファンドへの投資について短期運用目的のものは売買目的有価証券に準じて、中長期の運用目的のものはその他有価証券に準じて会計処理する。また、他ファンド収益連動型についても同様の処理を行う。

なお、商品ファンドの構成資産が金融資産に該当する場合には金融商品会計基準に従って評価し、商品ファンドの保有者における会計処理の基礎とする。