売買目的有価証券を売却した場合、売却時点で付されている帳簿価額に基づき売却原価（ただし、直近の貸借対照表日に計上された売買目的有価証券に係る評価差額は、当期において、切放処理により売却原価に含めることもできる。）を算定し、当該売却原価と売却価額との差額を当期の売却損益として処理する。

なお、同一銘柄の有価証券を売買目的有価証券の区分とその他有価証券の区分とで保有している場合に、当該有価証券の一部を売却したときは、これらが組織上、明確に分別管理されていなければ、まず売買目的有価証券を売却したものと推定する。